A Napon látott sötét foltokról szóló feljegyzéseket már i.e IV. századból is fellelhetőek. A távcső előtti időkből Európából nagyon kevés, ezzel szemben Kínából, Koreából Japánból több adat található, melyek a naptevékenység változásainak hosszú távú értékelését teszik lehetővé. A távcső csillagászati használatának kezdetén 1610 környékén újabb felfedezéseket tett többek (Thomas Harriott, David és Johannes Fabricius, Christoph Scheiner) között Galileo Galilei, aki bizonyította azt is, hogy a foltok a nap felszínén találhatók, nem pedig (az addigi egyes feltételezések szerint) előtte elvonuló bolygók.
Christoph Scheiner német csillagász 1611 és 1625 között végzett beható megfigyeléseket a napfolttevékenységgel kapcsolatban, melyet Rosa Ursina című több mint 800 oldalas könyvében jelentetett meg. Ezen írás megjelenése után a napfoltokkal kapcsolatos csillagászati érdeklődés alábbhagyott, majd az 1800-as évek derekán újra éledt a kutatás. 1674-től 1976-ig a Royal Greenwich Observatory programja alapján a napot rendszeresen naponta fényképezték. A századforduló idején a napfoltok kutatásában az Mt. Wilson Observatory vette át a vezető szerepet E. Hale vezetésével, aki új műszereket épített, melyek segítségével meghatározta a napfoltok alapvető fizikai jellemzőit, kimutatta a napfoltokra jellemző erős mágneses teret, melyek alacsonyabb hőmérsékletet, ezzel sötétebb színt eredményeznek.
Magyarországon Debrecenben az MTA Napfizikai Obszervatóriumában 1957 óta folyik napfolttevékenység kutatása, mely intézet a világ legfontosabb központja.