Működésük az elemekhez hasonló. Elektromosságot állítanak elő közvetlenül vegyi reakciókkal. Az a különbség az elem és az üzemanyagcella között, hogy az elemet, ha kifogy, ki lehet dobni, viszont az üzemanyagcellát folyamatosan újra lehet tölteni.
Hivatalos megfogalmazásban az üzemanyagcellák elektrokémiai energia átalakító berendezések, melyek a hidrogént és az oxigént alakítják vízzé, miközben elektromos áramot termelnek.
Tehát itt is elektrokémiai reakció játszódik le a hagyományos akkumulátorokhoz hasonlóan, viszont az akkumulátorok teljes mértékben önmagukban tárolják a reakcióhoz szükséges kémiai anyagokat, így a leállítást követően a villamosenergia-termelés leáll. Az üzemanyagcelláknál ezzel ellentétben az elektrokémiai reakciókhoz szükséges elemek (hidrogén, oxigén) folyamatosan áramlanak a cellákba, így amíg a folyamat tart, azok szüntelenül termelnek áramot.
A tüzelőanyag-cellában tehát ellentétes folyamat zajlik, mint az elektrolízis: a levegőből nyert oxigén és hidrogén reakciójánál víz és elektromos energia keletkezik.
1839-ben Sir William Growe, angol fizikus felismerte, hogy elektrolízis vizsgálatánál elektromosságot alkalmazva, annak folyamata visszafordítható. Growe az üzemanyagcellával a gőzgépnek akart versenytársat teremteni. Kezdetben „gas battery”-nek nevezte, később lett a neve „fuel cell”. Életében nem sok sikerrel járt, az utókor fedezte fel ezt a lehetőséget.